Bedeutende Besitzer, deren Herrschaft über das Gut mit umfangreichen Bautätigkeiten verbunden war, war die Familie Smiřický, die in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts zu den reichsten Familien in Böhmen gehörte. Zikmund Smiřický von Smiřice kaufte Náchod im Jahr 1544, und es blieb bis 1620 im Besitz dieser Familie, bis es im Rahmen der Beschlagnahmungen nach der Schlacht bei Weißberg wegen der Beteiligung der Smiřický an der Auflehnung der Stände konfisziert wurde. Der letzte männliche Nachkomme der Familie, Albrecht Jan, der 1614 das Gut Náchod erbte, war nämlich ein aktiver Teilnehmer des Aufstands der Stände, nahm persönlich an der Defenestration im Mai 1618 teil und war auch einer der dreißig Direktoren. Seine vielversprechende Karriere wurde jedoch durch seinen unerwarteten Tod im November 1618 vorzeitig beendet. Das umfangreiche Erbe von Smiřice und damit auch das Gut Náchod ging an seine Schwester Markéta Salomena über. Im hiesigen Schloss verbrachte auch der sogenannte Winterkönig Friedrich von der Pfalz seine letzte Nacht in Böhmen, als er nach seiner Niederlage bei der Schlacht am Weißen Berg aus dem Land floh. Kurz darauf verließ auch Markéta Salomena Böhmen. Unter den 27 böhmischen Vornehmen, die am 21. Juni 1621 auf dem Altstädter Ring hingerichtet wurden, befand sich auch der Náchoder Bürger, Mitglied des Ständedirektoriums und Regent des Smiřický-Besitzes, Tobiáš Štefek aus Koloděje.

Im Jahr 1623 kaufte Magdalena Trčková von Leipa das Gut Náchod und übertrug es einige Jahre später ihrem Sohn Adam Erdman Trčka. Adam war der letzte Besitzer des Schlosses, der aus dem tschechischen Adel stammte. Sein Schwager war der Befehlshaber der kaiserlichen Truppen Albrecht von Wallenstein, dessen Mutter ebenfalls aus dem Geschlecht der Smiřický stammte und der möglicherweise 1583 auf dem Schloss Náchod geboren wurde. Adam stand seinem Verwandten bis zu dessen Tod am 25. Februar 1634 treu zur Seite, als er zusammen mit ihm in Cheb ermordet wurde.